RTO设备废气处理系统是一项系统工程，必须从整体考虑，从头到尾一起设计，才能得到总体效果，如果一个环节出现问题，就会影响系统运行的稳定性。而企业都是逐步发展起来的，工艺设计只局限于当时的标准，随着时间的推移，标准的提高，系统的问题逐渐显露出来。那么RTO焚烧炉设备废气处理系统可能存在哪些问题呢?
(1)废气采集系统的不合理
系统进气预处理不充分，废气进气不分类，如卤素废气企业早期未作处理，无机酸尾气处理不彻底，直接进入RTO。大量的酸气造成焚烧炉设备的腐蚀及配套设施的腐蚀，还造成焚烧后烟囱冒白烟现象。废气焚烧后生成的强酸对RTO焚烧炉会造成比较严重的腐蚀。废气中的有机物焚烧后产生的有机盐冷却后的结晶体，残留在RTO蓄热室底部及排烟管道的管壁上，当废气切换时，还未处理的废气中的水汽、部分有机物(如甲醇等)被有机盐结晶体吸附，在下次排烟时该有机物被烟气带出，积存RTO蓄热室的底部，是造成RTO去除率下降、火灾隐患的原因，影响设备正常运行。燃烧产生的二噁英，导致尾气排放达不到要求。
(2)有机废气浓度及氧含量缺少有效控制
真空系统冷凝不充分，真空排气未经冷凝处理，大量有机气体排出，各车间支管没有相应控制措施，直接进入废气总管。有机废气浓度偏高，造成炉内温度超高，引起RTO炉膛高温报警，当有机废气浓度超过爆炸极限时，废气直接从RTO炉旁路排空，高浓度废气与高温尾气混合造成爆炸事故，爆炸导致进气管道着火或管道爆炸等事故，曾有发生。
